ويواجه القائلون بنظرية ولاية الفقيه الاعتراض عليها والانتقاد لها بسبب ضعف الروايات التي يستندون إليها والمنسوبة إلى الإمام الغائب, إلا أنهم يتشبثون بها كأدلة مساعدة بعد تقريرهم لضرورة إقامة الحكومة الإسلامية في عصر الغيبة والتخلي عن نظرية التقية والانتظار للإمام الغائب, نظرًا لسلبيتها, وقد مثل القول بولاية الفقيه ثورة في الفكر الديني الشيعي يتعلق بعقيدة مذهب الإمامية الاثنى عشرية, يتجاوز الجدل السياسي حول نظرية ولاية الفقيه.. حيث يشترط هذا المذهب العصمة والسلالة العلوية الحسينية, كأهم شروط الإمامة التي جاءت في أصول ذلك المذهب من مذاهب الشيعية, ولا يأخذ بها القائلون بولاية الفقيه.

ورغم تطبيق النظرية في عهد الثورة الإسلامية, الذي أقامه الخميني في إيران, إلا أن النظرية ظلت غامضة خاصة فيما يتعلق بحدود الولاية وعلاقة الفقيه بالأمة.. وأصبحت عرضة لجدال طويل, على النحو سالف الذكر (1) .

(1) نظرية ولاية الفقيه لم تشكل خطرًا سياسيًا على التيارات السياسية غير الدينية والقوى الليبرالية فحسب بل وعلى المرجعيات الدينية نفسها. القول بولاية الفقيه المطلقة تسلب المرجعيات الدينية حق إصدار الفتاوى خاصة تلك التي قد تعارض توجهات الدولة والقائد (الوالي الفقيه) على وجه الخصوص. كما أن الخلط بين وظيفة الدولة الجبائية وما اعتاد عليه تقاليد المرجعيات من جباية الأخماس الزكاوات وتوزيعها على الفقراء والمساكين وطلبة العلم ورعاية المشاريع الخيرية يأتي على حساب نفوذ المرجعيات الدينية الاجتماعي والسياسي في المجتمع الشيعي. ولعل هذا ما دفع أحد كبار الحوزة العلمية في قم الشيخ آذري قمي أن يطالب صراحة القائد علي خامنئي وهو أحد أنصار الولاية المطلقة للفقيه أن يحتفظ بالقيادة ويترك ساحة المرجعية للفقهاء التقليديين. أنظر: أحمد الكاتب الوجه الآخر للصراع بين المرجعية والقيادة السياسية في إيران, جريدة الحياة 10/2/1996.