واما جيش المجاهدين فقد اكد على انهم: يد مع الايادي البيضاء ولسنا اليد الوحيدة وسيف مع السيوف الحقة ولسنا السيف الوحيد ولاندعي العصمة، وهذا ما اكدته حركة المقاومة الإسلامية بقولها: لا ندعي أننا الجهة الوحيدة التي تقاتل؛ ولكننا نطالب من ينتسب إلينا بالسمع والطاعة في المنشط والمكره لقيادته.

البرنامج السياسي

بعض المجاميع لم تتوسع في برنامجها السياسي في منهجيتها وتركت ذلك لبياناتها السياسية التي تصدرها بين الحين والآخر، في حين توسعت بعض المجاميع في تفصيل برنامجها السياسي كحركة المقاومة الإسلامية، والجيش الإسلامي في العراق.

قضايا ومواقف

صاحب العمل الجهادي كثيرا من القضايا التي فرضت على المجاميع الجهادية ان تحدد موقفها منها سواء في منهجيتها او في البيانات التي صدرت عنها ومن ابرز هذه القضايا.

العملية السياسية

العملية السياسية مرفوضة من قبل المجاميع الجهادية وان تفاوتت نسبة الرفض ومدة زواله، وتأثره بالأوضاع التي يعيشها العراقيون وخاصة أهل السنة، وتبعا لذلك تم التأكيد على عدم شرعية الحكومات المنبثقة عنها، لانها تشكلت في ظل الإحتلال وعلى عينه يقول امير الجيش الإسلامي عنها: نحن نسميها المحكومة العراقية وهي محكومة طائفية من أسوأ آثار الإحتلال الأمريكي ولا نأمل منها أي خير بل إنها سرطان أصاب شعبنا ونسأل الله العافية منها.

الاجهزة العسكرية والامنية

يؤكد جيش المجاهدين انه قد شرع الله لنا أن نقاتلهم ونقتلهم، وهذا الحكم الشرعي المتقدم منوط بأربع صفات:الإحتلال، اعانة المحتلين، انتماء سياسي أو عسكري لتنظيمات المليشيات، مباشرة القتال أو مباشرة العدوان، فاتصاف الفرد أو الجماعات بواحدة من هذه المذكورات أو جميعها يعطينا الشرع الاذن بقتاله ومحاربته بل وقتله وذلك مدة اتصافه بذلك الا أن يعلن توبته حقيقة.

وينظر الجيش الإسلامي الى هذه المؤسسات بان: الظاهر في جيوش الطواغيت وشرطتهم ومخابراتهم وأمنهم أنهم من أولياء الشرك وأهله المشركين، وذلك كونهم:هم العين الساهرة على القانون الوضعي الكفري، الذين يحفظونه ويثبتونه وينفذونه بشوكتهم وقوتهم، وهم أيضا الحماة والأوتاد المثبتين