رابعًا: اعتماد بعض المصادر التي لا يصح الاستناد إليها في بحث مثل هذه القضايا.
خامسًا: الانطلاق من وجهات نظر مسبقة والبحث عن أدلة لها دون التحقق من صحة هذه الأدلة أو البراهين.
سادسًا: تكرار أفكار وآراء غيره من المستشرقين دون الإشارة إليها كما فعل مثلًا مع افتراضاته حول حركة (الإخوان المسلمون)
سابعًا: عدم الاعتماد على المصادر الإسلامية الأصيلة بالنسبة للفكر السياسي الإسلامي ، كما أغفل لويس مصادر الحركات الإسلامية المعاصرة مثلما فعل في دراسته حول الإخوان المسلمين أو الحركات الإسلامية الأخرى ( الأصولية )
... وقد ناقش البحث منهج لويس في دراسة الفكر السياسي الإسلامي وأوضح الأخطاء المنهجية التي وقع فيها. وأثبت الباحث أن للمسلمين فكر سياسي ينطلق من العقيدة الإسلامية ومن السوابق التاريخية منذ بداية دعوة الرسول صلى الله عليه وسلم في مكة ثم إنشائه الدولة في المدينة المنورة إلى قيام الخلافة الراشدة.
... ولا بد من الإشارة إلى أن البحث لم يتضمن بعض القضايا التي ناقشها لويس في الفكر السياسي الإسلامي مثل قيام الخلافة الإسلامية الراشدة وذلك لأن لويس لم يكن أصيلًا في هذا البحث حيث كرر شبهات وأخطاء غيره من المستشرقين من أمثال كايتياني وتوماس آرنولد ولامانس وغيرهم.
... إننا بحاجة إلى معرفة الفكر السياسي الإسلامي من مصادره في الوقت الذي تسعى الدول الغربية وبخاصة الولايات المتحدة الأمريكية تصدير نموذجها وديموقراطيتها القائمة على الانتخابات التي تحددها المصالح المادية للقائمين على الحملات الانتخابية والشركات التي تمول هذه الحملات.
بينما يقوم الفكر السياسي الإسلامي على تولية الأصلح وفقًا للمعايير الإسلامية .