1.معرفة الموجود من المخطوط وهل المخطوط متن ،حاشية أو شرح

2.قراءة الموجود من المخطوط لمعرفة موضوعة

3.استخراج كل ما يقابل المفهرس من أسماء الأعلام والشيوخ والأماكن والكتب وذكر الفصول والأبواب مرتبة حتى يستطيع أن يقابلها مع مخطوطات ذات فصول وأبواب في نفس الموضوع

4.نقل بعض النصوص المنقوله من نصوص أخري مما يساعد المفهرس علي معرفة ما ألف في هذا العصر أو في هذا الموضوع.

كل هذا سوف يؤدي في النهاية إلي عنوان المخطوط ومؤلفه.

مشكلات أخري أمام المفهرس تبدو بسيطة ولكن عواقبها جسيمة منها:

1.مخطوط يرد عليه عنوان ومؤلف منسوب إليه خط فينقاد المفهرس أمام البيانات الصحيحة الواضحة ويبدأ في الفهرسة وعلي المفهرس أن يدقق النظر ويتأكد أن هذا الكتاب من مؤلفات الكاتب أم لا. والمصادر والمراجع تفيد ذلك، وعندما يثبت صحتها تنتهي المشكلة. أما إذا ثبت خلاف ذلك من عدم صحة نسب المخطوط للمؤلف، فإنه سيكتشف الخطأ ويقوم بعمل تصحيح وينسب المخطوط للمؤلف الصحيح

2.مخطوط ورد في صفحة عنوانه (العنوان والمؤلف) يعتقد المفهرس عادة ان العنوان وأسم المؤلف ليس فيهما أدني شك ويبدأ في الفهرسة إلا أن الحقيقة غير ذلك وأن هذه البيانات يمكن ان تكون خاطئة ولو رجع إلي الفهارس لتأكد من ذلك.

3.لابد علي المفهرس من الإلمام بماهية المتن أو الشرح أو الحاشية أو الاجازة وذلك حتي لا يقع في خطأ لا يغتفر.

4.كثيرًا ما يصادف المفهرسون كراسات من كتب أو أجزاء بسيطة لم يستطيع التعرف علي عناوينها الصحيحة ففي هذه الحالة يذكر كلمة رسالة في كذا مثل الرسالة في النطق

بعض المشكلات العامة في فهرسة المخطوطات

1.مشكلة التكاليف

يذكر د. عبد الستار الحلوجي أن مكتبات كبري وضخمة مثل مكتبة المتحف البريطاني بلندن قد عجزت علي أن تستمر في فهرسة مخطوطاتها بالطريقة التي بدات بها وعجزت ان تستمر في نشر فهارسها لمقتنياتها من المخطوطات العربية.