ينحدر الشرفاء الكتانيون من أمير الناس يحيى الثالث؛ المدعو بالكتاني بن عمران بن عبد الجليل بن يحيى الثاني بن يحيى الأول؛ الذي بني في إمارته جامعا القرويين والأندلس، ابن محمد بن إدريس الأزهر بن إدريس الأكبر بن عبد الله الكامل بن الحسن المثنى بن الحسن السبط بن علي بن أبي طالب وسيدة النساء فاطمة البتول بنت مولانا رسول الله صلى الله عليه وسلم وعلى آله. وقد عدهم النسابة عبد السلام بن الطيب القادري في الطبقة الأولى من الأشراف؛ فقال في"الدر السني فيمن بفاس من ذوي النسب الحسني"ص38:"هم من شعب الأدارسة الذين آثارهم واضحة غير دارسة، نسبهم أوصل نسب، وسببهم أوثق سبب".

وسبب تسميتهم بالكتاني: أن جدهم أمير الناس يحيى الثالث المذكور خيم لجيشه بخيام الكتان، حينما كان ملكا بزواوة، وكانت العادة أنه لا يخيم إلا بخيام الصوف أو الشعر، فأطلق عليه ذلك اللقب وعلى بنيه من بعده. وكانوا يسمون في الماضي بأمراء الناس نسبة لجدهم المذكور الملقب بأمير الناس، وبالزواويين؛ نسبة لزواوة التي استوطنوها فترة من الزمان، وبشرفاء عقبة ابن صوال؛ نسبة للمحل الذي استوطنوه أولا عند رجوعهم لفاس في القرن العاشر.