على الرغم من تفوق الموسوعة الفقهية الكويتية على نظيرتها المصرية من حيث مستوى العرض والمنهجة والصياغة كما سنلاحظ ذلك .. الا انها لم تخل من هنات وملاحظات يمكن ابرازها، وقد يجد المتتبع غير ما نذكره:

1 -لم تكن الموسوعة موسوعة للفقه الاسلامي بجميع مذاهبه واتجاهاته، فقد تحددت مساحة البحث فيها بالتراث الفقهي للمذاهب الاسلامية الاربعة المعروفة متجاهلة لاءي سبب كان ما تملكه المذاهب الفقهية الاخرى من رصيد وتراث فقهي، ونقصد بالتحديد الفقه الامامي على ما يتمتع به من خزين علمي هائل، ومادة فقهية غزيرة تحمل من عناصر الاصالة والعمق والشمول مالا يمكن تجاهل نظرياته وآرائه الغنية. الامر الذي قلل من المستوى العلمي لمحتوى الموسوعة .. على ان هذا الاقصاء للفقه الامامي خطوة لا تنسجم والاهداف التي من اجلها كانت الموسوعة كاحياء التراث الفقهي وترشيحه للدراسات الدولية الحقوقية! واخيرا، فان كان هذا يعد خسارة فهو خسارة للموسوعة لا للفقه الامامي.

2 -على الرغم من تفوق منهجية الموسوعة الكويتية على منهجية نظيرتها المصرية من حيث اعتمادها اسلوب عرض الاتجاهات الفقهية ومن حيث التقسيمات والعناوين الفرعية في كل بحث .. الا انه قد يلاحظ في بعض التقسيمات والعناوين الفرعية ضعفا من حيث التداخل او من حيث عدم الاستيعاب لجميع المادة وتقسيماتها، وهذا ما يظهر للمراجع لبحوث الموسوعة وتقسيماتها ومقارنتها بالمادة الفقهية في المصادر الاصلية، وقد جربنا ذلك في بعض بحوث الموسوعة ومصطلحاتها.

3 -حوت الموسوعة بعض البحوث غير الفقهية مثل: بحث الاجزاء، بحث اتحاد الحكم والسبب وغيرها من البحوث الاصولية التي مجال بحثها الملحق الاصولي الذي جاء ذكره في مقدمة الموسوعة، واغرب من ذلك ان اول عنوان في المجلد الاول من الموسوعة هو عنوان «ائمة» الذي ذكرت تحته اطلاقات هذا العنوان حيث يطلق على الفقهاء او ائمة الحديث او التفسير او الاصول .. مع انه لا علاقة لهذه الاطلاقات