وكان الشيخ عفيفي - يرحمه الله تعالى - قد أدخل المستشفي العسكرى بالرياض الساعة الواحدة بعد الظهر من يوم الثلاثاء الموافق 16/3/1415 هـ في قسم العنايةن المركزة ، ثم أخرج من ذلك القسم في يوم الأحد 21/3/1415 هـ وهو يعانى من ألمح شديد في الكبد ،وضعف في الكلى ، ووجود سوائل في الرئتين وهبوط في ضر بات القلب ، وظل بالمستشفي حتى وافاه الأجل المحتوم في يوم الخميس 25/3/1415 هـ في حوالى الساعة السابعة صباحًا ، وكان يرحمه الله - قبل وفاته - كما يروي ابنه محمد - في كامل وعيه وفي حالة ذكر الله عز وجل حتى ازداد ضيق نفسه ، وهبط الضغط لتخرج روحه إلي بارئها ، وقد صلي على جنازته عقب صلاة الجمعة 26/3/1415 هـ في جامع الإمام تركى بن عبد الله ( الجامع الكبير ) بالرياض ، وقد صلي عليه جمع غفير من الناس ، ويقول الشيخ عبد العزيز آل الشيخ ، والشيخ محمد السعيد: إنه كان يومًا عظيمًا مشهودًا امتلأ الجامع الكبير إلي آخره ، وهي من المرات القلائل التى يمتلأ فيها الجامع ، وقد ازدحمت المواقف والشوارع المؤدية إلي المقبرة بالسيارات خصوصًا بعد ما انطلق الناس بسياراتهم، ومشيًا على الأقدام مشيعين له ، وحضر دفنه بمقبرة العود بالرياض عدد هائل منة البشر غالبيتهم من المشايخ والعلماء ، وطلبة العلم وتلاميذ الفقيد يغمرهم الحزن على فراقه داعين له بالمغفرة والرحمة.