اختلف العلماء المترجمون للإمام الفاكهاني - رحمه الله - في سنة وفاته على قولين:
أحدهما: أنه توفي سنة (٧٣٤ هـ) ، ذكره الذهبي، وابن كثير، وابن فرحون، والسيوطي في «حسن المحاضرة» ، وابن مخلوف.
والثاني: أنه توفي سنة (٧٣١ هـ) ، ذكره الصفدي، والحافظ ابن حجر، وأبو الطيب الفاسي، والسيوطي في «بغية الوعاة» ، وابن العماد، وهو الذي اعتمده كحالة في «معجم المؤلفين» ، وصححه الزركلي في «الأعلام» ، وقال: «ولعل هذا هو الأصح؛ لما جاء في مخطوطة من كتابه «التحرير والتحبير» : كتبت سنة (٧٣٣ هـ) ، وفي نهايتها: قال المصنف - رحمه الله -».
وكانت وفاته - رحمه الله - ليلة الجمعة، سابع جمادى الأولى، بالإسكندرية، ودفن ظاهر باب البحر.
وكان قد صلي عليه بدمشق صلاة الغائب لما بلغهم خبر موته؛ كما قال الذهبي في «معجمه» .