فلما عاد الملك الناصر إلى السلطنة وتمكن ، وأهلك المظفر ، وحمل شيخه نصر المنجبى ، واشتدت موجدة السلطان على القضاة لمداخلتهم المظفر ، وعزل بعضهم: بادر بإحضار الشيخ إلى القاهرة مكرمًا في شوال سنة تسع وسبعمائة ، وأكرمه السلطان إكراما زائدة ، وقام إليه ، وتلقاه في مجلس حفل ، فيه قضاة المصريين و الشاميين ، و الفقهاء وأعيان الدولة ، وزاد في إكرامه عليهم ، وبقى يُسارّه ويستشير سويعة ، أثنى عليه بحضورهم ثناء كثيرا ، وأصلح بينه وبينهم ، و يقال: إنه شاورهم في أمرهم به في حق القضاة ، فصرفه عن ذلك ، وأثنى عليهم ، وأن ابن مخلوف كان يقول: ما رأينا أفتى من ابن تيمية ، سعينا في دمه ، فلما قدر علينا عفا عنا .

واجتمع بالسلطان مرة ثانية بعد أشهر ، و سكن الشيخ بالقاهرة ، والناس يترددون إليه ، والأمراء والجند ، وطائفة من الفقهاء ، ومنهم من يعتذر إليه ويتنصل مما وقع .

قال الذهبي: وفي شعبان سنة إحدى عشرة: وصل النبأ: أن الفقيه البكري - أحد المبغضين للشيخ - استفرد بالشيخ بمصر ، ووثب عليه ، ونتش بأطواقه وقال: احضر معي إلى الشرع ، فلي عليك دعوى ، فلما تكاثر الناس انملص ،فطلب من جهة الدولة ، فهرب واختفى0

وذكر نميره:أنه ثار بسبب ذلك فتنة ،وأراد جماعة الانتصار من البكري فلم يمكنهم الشيخ من ذلك 0

واتفق بعد مدة: أن البكري هم السلطان بقتله ، ثم رسم بقطع لسانه ؛ لكثرة فضوله وجراءته ، ثم شفع فيه ، فنفى إلى الصعيد ، ومنع من الفتوى بالكلام في العلم . وكان الشيخ في هذه المدة يقرئ العلم ، و يجلس للناس في مجالس عامة .

قدم إلى الشام هو واخوته سنة اثنتي عشرة بنية الجهاد ، لما قدم السلطان لكشف التتر عن الشام . فخرج مع الجيش ، وفارقهم من عسقلان ، وزار البيت المقدس .