ويبدو أن الكم الهائل من المادة العلمية التي جمعها ، بالإضافة إلى تناثر جزئياتها ، وكثرة تفصيلاتها الدقيقة ، مع تعدد موارده ومصادره ، واتساع إطارها الزماني جعلته أحيانًا يفقد حاسته التاريخية مما أوقعه في بعض الأخطاء العلمية أو التناقض فيما يذكره من معلومات أو أخبار ، فمن الأخطاء التاريخية قوله: (( وأخبرنا محمد بن أحمد بن يحيى قال: محمد بن محمد بن معروف النيسابوري قال: نا عبد الرحمن بن الفضل الفارسي قال: نا محمد بن إسماعيل البخاري قال: نا يحيى بن بكير عن الليث قال: وفي سنة اثنتين وعشرين ومائة قتل عبد الرحمن بن عبد الله الغافقي أمير الأندلس ) ) ( [473] ) ، وهو بهذا القول الذي رواه بإسناده عن البخاري يناقض نفسه حيث ذكر حين ترجمته لعبد الرحمن الغافقي إنه توفي سنة خمس عشرة ومائة ( [474] ) ، كما يخالف إجماع المؤرخين المسلمين الذين ذكروا أن وفاته كانت في أعقاب هزيمة المسلمين في معركة بلاط الشهداء سنة 114هـ ( [475] ) .

كما ذكر أن وفاة عبد الملك ابن قطن سنة خمس وعشرين ومائة ( [476] ) ، وهذا التحديد غير متفق مع ما ذكره المؤرخون من أن وفاة هذا الوالي كانت في ذي القعدة سنة ثلاث وعشرين ومائة كما ذكره ابن عذاري ( [477] ) ، وابن الأثير ( [478] ) ، والمقري ( [479] ) .

ولم تكن هذه التجاوزات والأخطاء قاصرة على تحديد سني الوفيات ، بل تجاوزتها إلى بعض الأحداث التاريخية المشهورة ومنها قوله عن نهاية عبد العزيز بن موسى ابن نصير: