وهي تمثل أخطر المراحل، لأنّ هدفها تفريغ الأتربة والصخور من تحت المسجدين (الأقصى وقبة الصخرة) ليتركا قائمين على فراغ بحيث يكونا عرضة للسقوط والإنهيار، بفعل عوامل الطبيعة، أو بفعل تأثير هزات ذبذبات الطائرات النفاثة، وقد توجّت هذه المرحلة أيضًا بافتتاح جزء من نفق الحشمونائيم عشية عيد الغفران اليهودي- مساء الأثنين 24 أيلول 1996م- طوله 250 مترًا، وأسفر الإعلان عند افتتاحه- بحضور كبار المسؤولين- عن اندلاع مواجهات هي الأعنف بسبب المسجد الأقصى، مما اضطر الحكومة الصهيونية إلى التراجع وإشاعة إغلاقه، وكانت حفريات الحكومة الصهيونية ساهمت في بلوغ طول النفق 400 متر، حيث يمتد من الحي الغربي العربي الإسلامي على طول أساسات حائط البراق أسفل الحرم حتى يصل إلى شمال الحي الإسلامي.

الحفريات مستمرة حتى الآن ولم تتوقف:-

يقول الشيخ رائد صلاح- رئيس الحركة الإسلامية في داخل فلسطين المحتلة 1948م-:"لقد سمعت ذلك من أكثر من حارس من حراس المسجد الأقصى المبارك وجميع هؤلاء الحراس يؤكدون أنهم يسمعون في بعض الليالي أصواتًا قوية تنبعث من تحت المسجد الأقصى المبارك، وهذه الأصوات شبيهة بصوت مفرقعات أو آلات حفر الصخور، نعم هذا ما أكدَه بعض الحراس ، وقد سمعت ذلك منهم مباشرة، وسواء كانت هذه الأصوات صوت انفجارات، أو صوت آلات حفر، إلّا أنّ المجمع عليه لدى هؤلاء الحرّاس هو أنها تنبعث من تحت المسجد الأقصى المبارك، وذلك بعد منتصف الليل، وهذا ما يؤكِِِِِّد ما قلته مرّات ومرّات..إن الحفريات ما زالت متواصلة حتى الآن تحت المسجد الأقصى المبارك". (1)

(1) - انظر مقال:أصوات تحت المسجد الأقصى المبارك، تحت عنوان: أبجديات في الطريق إلى المسجد الأقصى،راجع موقع: مؤسسة الأقصى لرعاية المقدسات الإسلامية ،على الإنترنت