في عام 1988، انضمّت الجبهة الإسلامية القومية إلى الحكومة الائتلافية برئاسة الصادق المهدي. كانت الجبهة وراء ثورة الإنقاذ التي قام بها الجيش بقيادة الجنرال عمر البشير في عام 1989.

اليوم ينقسم الإخوان المسلمون إلى فرع بقيادة سليمان أبو نارو الذي فصل منظمته عن حسن الترابي ووصف النظام الحالي مرارًا وتكرارًا كنظام غير إسلامي؛ والى فرع بقيادة الشيخ عبد المجيد، وهو ممثل المنظمة الدولية للإخوان المسلمين (*) ، يدعم النظام الحالي. ويعتبر السودان اليوم دولةً للإخوان المسلمين (*) ، يدعم النظام الحالي. ويعتبر السودان اليوم دولةً إسلامية (*) ، سيطر حسن الترابي بشكل فكري وسياسي على الحركة الإسلامية في السودان بالإضافة إلى عقيدة الدولة. دعت الحركة الإسلامية إلى إحياء المجتمع الإسلامي (*) ، وإقامة دولة إسلامية، وتبني دستور إسلامي لتطبيق الشريعة (*) ، وإقامة الوحدة الإسلامية العالمية. راجع أيضّا: المنظمة الدولية للإخوان المسلمين؛ الأممية الإسلامية الثانية؛ ثورة الإنقاذ؛ الترابي، حسن.