فى العام 802 الهجرى، دمر حريق الجانبين الشمالى والغربى من المسجد الحرام، وبعد ذلك بعامين، أعيد بناء هذين الجانبين على حساب الناصر الفراج ابن الظاهر برقوق، سلطان مصر، وجرى نقل الخشب المطلوب لهذا الغرض من مصر ومن الطائف إلى حد ما، حيث يوجد شجر العرار، الذى هو نوع من الصنوبر، الذى يعد من الأخشاب الجيدة.

فى العام 906 الهجرى، أعاد قنصوه الغورى، سلطان مصر، بناء القسم الأكبر من الجانب المسمى باب إبراهيم. والحجاز مدين لقنصوه الغورى بإنشاء مبان عامة أخرى متعددة.

فى العام 959 الهجرى، أثناء حكم سليمان بن سليم الأول، سلطان اسطنبول، جرى تجديد سقف الكعبة.

فى العام 980 الهجرى، أعاد السلطان نفسه بناء ذلك الجانب من المسجد الحرام في اتجاه شارع المسعى، كما أمر أيضا ببناء القباب التى تغطى سقف البهو المعمد. أمر سليمان بن سليم الأول بوضع الرصيف الموجود حاليا حول الكعبة، كما جرى أيضا عمل رصيف حول الأبهاء المعمدة.

فى العام 984 الهجرى، قام مراد ولد سليمان بن سليم الأول بترميم وإعادة بعض أجزاء الجوانب الثلاثة، التى لم يرممها والده.

فى العام 1039، (أو المصادف للعام 1626 من زمننا) انهمر سيل قادم من جبل النور إلى المدينة، وسرعان ما غمر المسجد الحرام، مما أدى إلى غرق كل هؤلاء الذين كانوا في المسجد في ذلك الوقت، وقد أدى ذلك إلى تدمير كل الكتب، والنسخ الفاخرة من القرآن، التى تركت في الشقق السكنية الموجودة في أسوار المبنى، كما جرف السيل أيضا جزءا من الجدار الموجود أمام الكعبة، المسمى حجر إسماعيل، كما جرف أيضا ثلاثة جوانب من جوانب الكعبة نفسها، وتسبب ذلك السيل في وفاة خمسمائة نفس من الأنفس التى كانت تعيش في المدينة. وفى العام التالى جرى