وقد ركزت المناهج في المرحلة الاستقلالية على الوطنية والإقليمية، وامتدادها السابق على الإسلام وبقى جوهر الخطة التعليمية كما هو وظلت هذه المناهج توحي بشبهات وأخطاء واضحة: من هذه الأخطاء:
-القول بأن الإسلام دين عبادة لا صلة له بالمجتمع ولا بالدولة.
-القول بأن مخططات الاستعمار والتبشير الأولى في أفريقيا هي كشوف علمية.
-التاريخ الإسلامي لا يزيد عن أن يكون خلافات بين الحكام: وصراعًا على الملك، بين الأمويين والعباسيين والعلويين.
-تغليب مفاهيم الفلسفة الغربية المادية بما فيها من شكوك ومادية ومفاهيم متعارضة مع الفكر الإسلامي بما يؤجج في النفس الشبهات والتمزق وبوادر الإلحاد.
-نسبة كل مناهج العلوم إلى الغرب وإنكار دور المسلمين الواضح فيها بما يصور للطالب المسلم أن المسلمين عاله على الأمم وأنه لم يكن لهم دور في بناء هذه العلوم.
-سيطرة نظريات المدرسة الاجتماعية والتحليل النفسي والوجودية على علوم النفس والأخلاق والتربية؟، وكلاه تقوم على الفكر المادي.
-دراسة العلوم السياسية والاجتماعية والاقتصادية دور بيان وجهة نظر الإسلام فيها. هذه بعض مناقض ومحاذير المناهج التعليمية القائمة في المدارس - والجامعات في مختلف بلاد العالم الإسلامي والتي لم تتغير مطلقًا.
فإذا جاءت اليوم الدعوة إلى (توحيد مناهج التعليم) فإنها ستجعل مثل هذه المحاذير أخطارًا عامة تشمل البلاد العربية كلها. مونها الأقطار التي لم تتصل من قبل بمناهج الإرساليات التبشيرية أو تسيطر عليها مناهج التعليم الغربية الدنلوبية وغيرها.