لكن الجماعة الإسلامية أعلنت عن تغيير منهجها في الفترة الأخيرة ، وقد شهد عاما 1997، 1998 ازدياد شقة الخلاف بين جماعة الجهاد والجماعة الإسلامية بسبب إعلان قادة الجماعة الإسلامية في مصر مبادرة وقف العنف، والتي تم تبنيها رسميًا في 25 مارس 1999 من قبل الجماعة، وبسبب موقفها من توحيد تنظيمات الأفغان العرب تحت مظلة"الجبهة الإسلامية العالمية لقتال اليهود والصليبيين"أو"القاعدة"، كما سيأتي لاحقًا.

و منذ 1985 أدركت الجماعات الجهادية أهمية أفغانستان كقاعدة للعمل والتدريب العسكري، فبدأت كوادر هذه التنظيمات من أفراد وقياديين في التدفق عليها، ويمكن القول إنه حتى عام 1996 لم يكن هناك أي حديث بين قادة الجماعات المصرية عن توحدها تحت مظلة"الجبهة الإسلامية العالمية لقتال اليهود والصليبيين"، ولكن تركزت الجهود على توحيد الصفوف على أساس وحدة الأهداف خاصة أن أكثر الخلافات بينها غير جوهرية .

وقد احتدم الخلاف بين الجماعة الإسلامية وباقي الجماعات الجهادية بصدور تصريحات واضحة من الشيخ عمر عبد الرحمن وعشرة من قياداتها في شهر أكتوبر 1998 يهاجمون فيها"الجبهة الإسلامية العالمية لقتال اليهود والصليبيين"، ويدعون إلى تشكيل جبهة أخرى مضادة لها تعتمد الأساليب السلمية في الدعوة للإسلام والدفاع عنه .