وكانت وفاته في سحر ليلة الجمعة 19 من جمادى الأولى سنة 911 هـ. ودُفِن في حوش قوصون خارج باب القرافة بمصر كما في ذيل الشعراني والكواكب السائرة والشذرات، وحو ض قوصون هذا تحت القلعة لا عند جامعه الكبير ما حقَّقه الأستاذ العلامة أحمد تيمور باشا في كتابه"قبر الإمام السيوطي"، أغدق الله على ضريحه سحائب رحمته، وأدخله فسيح جَنته.