كفر بنعماك أنه لا يقدر عليه أحد ولم يعلم بجهله أنك البر الرحيم .."إلى أن يقول -رحمه الله-:"حبيبك الذي توجته بتاج العز والنصر وأيدته بقربك في أعلى الملكوت وأقمته مقام العز في بساط الجبروت سيدنا محمد صلى الله عليه وسلم الذي هديت به من أرشدته لدينك القويم وجعلته كريم في كل من شرفت وعظمت وأطلقت على لسانه الحق فأصبح ظافرا بغنائم الذكر والسر والفخر حتى شاهد مشاهد الأسرار الربانية والمعاني الإلهية بقدس حضرتك العلية فما أكرمها من عطية تفرد بها على جميع الأنبياء والأصفياء وخصصته بشفاعة أمته يوم القيامة كما يرجوها أهل سمواتك وأراضيك من جميع خلقك حيث لم يطلب غيرها فنسألك اللهم أن تجازيه عنا ومن أمن به أفضل ما هو أهله وأن تصلى عليه وعلى آله صلاة لا تعد ولا تنحصر ولا تنقطع مادام دوامك وارتفع شأنك وعز سلطانك اللهم أجعلني من الداخلين في زمرته وممن يموت على ملته وارزقني شفاعته الكبرى ولا تحل بيني وبينه طرفة عين وغيبني في محبته واجعلني مأمونا في كنف حرزه". وللشيخ محمد بن عيسى أحزاب أخرى نذكر منها: حزب الحصن والاستقامة، و حزب الفتح، وحزب الحمد ...."
أما تلامذة الشيخ بن عيسى فكثر، منهم الشيخ أبو الروائن والشيخ أحمد بن الحسين، المترجم في"دوحة الناشر"، وهو دفين باب روضة شيخه بن عيسى، عليه قبة؛ ومنهم الشيخ محمد بن عمر بن داود المختاري، ومنهم الشيخ موسى بنعلي لمختاري، والشيخ يوسف الدريدي المختاري، وكان عند الشيخ حارسا في البستان؛ ومنهم الشيخ موسى بن يعقوب لمختاري دفين قبيلة كروان، وقبره مشهور بها، ومنهم الشيخ أحمد