كما كان الشيخ محمدبن جعفر الكتاني مشاركا في الحركة الإصلاحية في زمن المولى الحسن الأول، عن طريق تحريره لعدة فتاوى مهمة حول التجارة مع الدول الأجنبية.

وفي عهدالمولى عبدالعزيز ألف كتابه:"نصيحة أهل الإسلام بما يدفع عنهم داء الكفرة اللئام"، وهو نصيحة قدمها للمولى المذكور واصفا بها أوضاع البلاد وأسباب انتكاس الأحوال، وكيفية الخروج من الأزمة المغربية، حين زار السلطان وشرح له أحوال البلاد وقدم الكتاب له.

هاجر للمدينة المنورة عام 1328، واستوطنها إلى عام1336، وفي تلك الفترة قام بالحرمين الشريفين بتدريس مختلف الكتب الشرعية، وتعمق في دراسة المذاهب الأربعة وغيرها دراسة تحقيق وتوسع، فأخذ عنه جل أعلام الحجاز والواردين عليها في تلك الفترة، واعتقدوه ولازموه، وكانت له علاقات متميزة بحكام الحجاز والدولة العثمانية.

تم إثر فتنة الحجاز، غادر هته الديار ليستوطن دمشق الشام سنة 1336هـ، فاستقبل من رجالاتها استقبال الأكابر، وأقبل عليه الخاص والعام، حيث قام بها بنهضة دينية إصلاحية وأخذ عنه رواد الإصلاح بالشام أمثال السادة العلماء علي الدقر، وهاشم الخطيب وعبد القادر المغربي، وكانت له نضالات متميزة إبان ابتلاء الشام بالاستعمار الفرنسي يشهدله بها كل الرجالات السياسية والعلمية بسوريا.