ترك العلامة محمد المختار السوسي، إرثا فكريا، وفقهيا وأدبيا وتاريخيا، منه ما طبع ومنه ما بقي مخطوطا:

-"المعسول في الإلغيين وأساتذتهم وتلامذتهم في العلم والتصوف وأصدقائهم وكل من إليهم."في نحو 8000 صفحة في 20 جزءا صدرت تباعا عن 3 مطابع ما بين سنة 1960 و1963 وهو موسوعة تراجم لنحو 4000 من العلماء والفقهاء والأدباء والرؤساء.

-"خلال جزولة"في أربعة أجزاء وهو وصف لأربع رحلات علمية في المناطق السوسية مليئة بالفوائد العلمية والأدبية والتاريخية، مطبوع.

-"الإلغيات"في 3 أجزاء تضمن مذكراته خلال نفيه إلى مسقط رأسه، والكتاب حافل بالأدبيات شعرا ونثرا والمناقشات العلمية ... والأدبية والتاريخية والفوائد الاجتماعية، مطبوع.

-"سوس العالمة"بمثابة مقدمة لموسوعة المعسول اشتمل نظرة عامة على العلم العربي وأعلامه ومؤسساته في منطقة سوس طبع مرتين.

-"إيليغ قديما وحديثا"تاريخ إمارة أسستها أسرة شريفة في قلب جبال جزولة السوسية منذ القرن 11 الهجري طبع مرتين بالمطبعة الملكية.

-"معتقل الصحراء"يشمل مذكرات المعتقل الصحراوي إثر النفي الثاني وفيه نبذة من نشاط النخبة السياسية المغربية في المنفى طبع جزؤه الأول.