وقد رثاه الشعراء والعلماء بقصائد كثيره، من جملتها ما أنشده ابنه العلامة الأديب أبو زيد سيدي عبد الرحمان مؤرخا وفاته:

قد قضى نحبه إمام المعالي قطب أهل الكمال في كل مظهر

قيل: أرخ، قلت: أرخت (حي) في جنان الخلود مولاي جعفر.

مؤلفاته:

رزق الله المصنف رحمه الله قلما سيالا، فدبجت يراعته كثيرا من المصنفات والمؤلفات الشاهدة له بالتحبر في شت الفنون، وقد قاربت تلك المصنفات المائة، وهي كما يقول العلامة عبد الحفيظ الفاسي:"متقنة نفيسة"، ومن جملة تلك المؤلفات:

1 -إعلام أيمة الأعلام وأسانيدها بما لنا من المرويات وأسانيدها.

2 -أحكام أهل الذمة.

3 -إتحاف الطالب الحاذق اللبيب بما يحصل العلم الرطب الرحيب.

4 -أمور تتعلق بشهر ذي الحجة والأضحية.

5 -الألبان المودعة في القوازيز في حكم الله في استعمال الحناطيز.

6 -الآيات التمامات فيما يتعلق بالحمامات.

7 -أثر الخضاب بالحناء.

8 -إتحاف نجباء العصر بالجواب عن المسائل العشر.

9 -تأليف في حديث:"إن الله يبغض أهل البيت اللحميين".

10 -تأيف في عدم إقامة الذميين حاكما منهم بينهم.

11 -تقييد فيما ورد في طلب العلم وفي آدابه.