إشارات ابن باجة إلى هذا الشرح في"رسالة الوداع"، وفي شرحه لمقالات السماع"تؤيد ما يذكره ابن النديم من اقتصاره على أجزاء من هذا الكتاب وحسب، هذا ما ذهب إليه الدكتور ماجد فخري في تحقيقه لـ"تعاليق ابن باجة على منطق الفارابي" (دار الشروق، بيروت، طبعة 1، 1994) .."

وبعد فقد قصدت من هذا المقال حول ابن باجة إثارة الانتباه إلى منهج في التفكير ساد في التاريخ الإنساني حول علاقة الفلسفة بالدين، وهو منهج يرتق المعارف الكونية ولا يفتقها، وإن فعل ذلك فلمقصد تفكيكي من أجل إعادة التركيب والبناء الفكري وفق قواعد المنهج الكوني .. وليس غريبا أن نرى موقفا مثل موقف الفقيه الفتح ابن خاقان من صاحبنا ابن باجة (أنظره بتفصيل في نفح الطيب للمقري) ، وهو موقف ملازم يذكي التدافع في اتجاه معانقة الدين والكون معا وفق منهج القراءتين: قراءة بالقلم وقراءة بالقرآن ويتيح إعادة الوفاق بين الإنسان والطبيعة الكونية ..

وأبو بكر بن باجّة هو الذي قال في حقّه لسان الدين في الإحاطة: إنّه آخر فلاسفة الإسلام بجزيرة الأندلس .. توفي ابن باجة في الغالب مسموما بمحروسة فاس، ودفن بها سنة 529هـ، رحمه الله ونفعنا بعلمه، والله الموفق للخير والمعين عليه.

ابن بطوطة اللواتي الطنجي