لقد سيطرت مليشيات الاحزاب الموالية لايران على العديد من نشاطات وزارة الداخلية واصبح جهاز الاستخبارات الايراني (اطلاعات) مشرفًا مباشرًا على هذه الوزارة بعد ان تم طرد (200) مائتي ضابط من كبار الضباط في وزارة الداخلية.

ان هذا الاختراق لهذه الوزارة مكن المليشيات الموالية لايران من استعمال العربات والاجهزة الخاصة بوزارة الداخلية لتنفيذ الهجمات الانتقامية ضد السنة.

وأكد بعض الضباط العاملين في الوزارة أن هذه الوزارة قد اصبحت طابورًا خامسًا ايرانيًا داخل الحكومة العراقية المدعومة من قبل الولايات المتحدة وتدير فرق الموت وشبكة السجون السرية.

وبعد انتخابات العراق في كانون الثاني 2005 تم تنصيب باقر صولاغ وزيرًا للداخلية من قبل المجلس الاعلى للثورة الاسلامية وقوات بدر. وتم ترتيب الأمور بحيث يتم الاستيلاء على الاستخبارات والمغاوير وزج عناصرهم فيها (وهذا ما أكده الامريكان) .

من جانب آخر فقد قال المشرف السابق للقوات الخاصة العراقية اللواء منتظر السامرائي: إنه شهد امورًا (مروعة) داخل مراكز الاعتقال العراقية (التابعة للداخلية) متهمًا قوات بدر بالقيام باعمال التعذيب فيها. وذكر السامرائي ان آلاف السجناء بعضهم مراهقون تظهر عليهم آثار الضرب والحرق والتعذيب بالكهرباء ما ادى بالنتيجة الى موت عدد كبير منهم. وقال السامرائي ان جميع المسؤولين الكبار في الوزارة اعضاء في المجلس الاعلى للثورة الاسلامية وحزب الدعوة. أما المعتقلون فجميعهم من أهل السنة.