الاجتماعية لذا التحق بالأكاديمية العسكرية في حمص عام 1952 و من ثم التحق بالكلية الجوية ليتخرج منها برتبة ملازم طيار عام 1955م.

بعد سقوط نظام أديب الشيشكلي و اغتيال العقيد عدنان المالكي أنحسم الصراع الدائر بين الحزب السوري القومي الاجتماعي و حزب البعث العربي الاشتراكي لصالح البعثيين مما سمح بزيادة نشاطهم و حصولهم على امتيازات استفاد منها حافظ الأسد حيث أختير للذهاب إلى مصر للتدرب على قيادة الطائرات النفاثة.

وقع حزب البعث مع عدد من الأحزاب في سوريا على وثيقة الانفصال في عام 1961. سجن على إثر ذلك حافظ الأسد مع عدد من رفاقه في اللجنة العسكرية في مصر لمدة 44 يوما أطلق سراحهم بعد ذلك و أعيدوا إلى سوريا في إطار عملية تبادل مع ضباط مصريين كانوا قد احتجزوا في سوريا. أبعد حافظ الأسد يعد عودته عن الجيش لموقفه الرافض للانفصال و أحيل إلى الخدمة المدنية في إحدى الوزارات لكنه ظل مرتبطا باللجنة العسكرية التي استطاعات في عام 1962 بالتعاون مع بعض الضباط البعثيين و الناصريين الانقلاب على حكومة الانفصال.

استولى حزب البعث في انقلاب 8 مارس 1963 على السلطة فيما عرف في أدبيات الحزب بثورة الثامن من آذار. أعيد بعدها الرائد حافظ الأسد إلى الخدمة من قبل صديقه و رفيقه في اللجنة العسكرية مدير إدارة شئون الضباط آنذاك المقدم صلاح جديد رقي بعدها في عام 1964 إلى رتبة لواء دفعة واحدة وعين قائدًا للقوى الجوية والدفاع الجوي. و بدأت اللجنة العسكرية بتعزيز نفوذها وكانت مهمة حافظ الأسد آنذاك توسيع شبكة مؤيدي وأنصار الحزب في القوات المسلحة.

قامت اللجنة العسكرية في 23 فبراير 1966 بقيادة صلاح جديد و مشاركة حافظ الأسد بالانقلاب على القيادة القومية لحزب البعث من بينهم مؤسس الحزب ميشيل عفلق ورئيس الجمهورية أمين الحافظ و تخلى بعدها صلاح جديد عن رتبته العسكرية ليتفرغ للسيطرة على حزب البعث و حكم سوريا بينما تولى حافظ الأسد وزارة الدفاع.

بدأت الخلافات بالظهور بين حافظ الأسد و صلاح جديد بعد الهزيمة في حرب 1967 حيث انتقد آداء وزارة الدفاع خلال الحرب و خاصة القرار بسحب الجيش و إعلان سقوط القنيطرة بيد إسرائيل قبل أن يحدث ذلك فعليا بالإضافة إلى تأخر غير مفهوم لسلاح الجو السوري في دعم نظيره الأردني مما أدى لتحميل حافظ الأسد مسؤولية الهزيمة. تفاقمت هذه الخلافات مع توجه صلاح جديد نحو خوض حرب طويلة مع اسرائيل بينما عارض حافظ الأسد ذلك لإدراكه أن الجيش لم يكن مؤهلا لمثل هذه الحرب خاصة بعد موجة التسريحات بعد إنقلاب 8 مارس 1963 و التي طالت الضباط السنة من غير البعثيين. و صلت الخلافات أوجها خلال احداث أيلول الأسود في الأردن عام 1970 حيث أرسل صلاح جديد الجيش السوري لدعم الفلسطينيين لكن وزير الدفاع و قائد القوى الجوية حافظ الأسد امتنع عن تقديم التغطية الجوية للجيش و تسبب في إفشال مهمته. على إثر ذلك