دعم الحكومة الباكستانية للتمرد في كشمير، وواصلت الجماعات المتشددة الكشميرية العمل في باكستان لجمع الأموال وتجنيد کوادر جديدة. والعديد من هذه الجماعات مسئول عن الهجمات ضد مدنيين في كشمير التي تسيطر عليها الهند، وأكبر هذه الجماعات (العسكر الطيبة) زعمت مسئولبنها عن هجوم انتحاري بسيارة ملغومة ضد حامية هندية في سريناچار في شهر أبريل

وإلى جانب ذلك واصلت (حركة المجاهدين) وهي منظمة مصنفة بأنها منظمة إرهابية أجنبية العمل في باكستان بدون معوقات من جانب الحكومة الباكستانية. وشارك أعضاء من هذه الجماعة في اختطاف طائرة ركاب هندية في ديسمبر عام 1999 وهو ما أسفر عن إطلاق سراح زعيم حركة المجاهدين السابق مسعود ازهر من سجنه الهندي. وقد أسس أزهر منذ ذلك الحين جماعة متشددة كشميرية هي جيش محمد) وهدد علنا الولايات المتحدة.

ومازالت الولايات المتحدة تشعر بالقلق حيال تقارير تفيد باستمرار التأييد الباكستاني لعمليات طالبان العسكرية في أفغانستان. وتشير تقارير موثوق بها إلى أن باكستان تزود حركة طالبان بالموارد والوقود والتمويل والمساعدات الفنية والخبراء العسكريين، ولم تمنع باكستان أعدادا ضخمة من الرعايا الباكستانيين من الدخول إلى أفغانستان للقتال لصالح طالبان. كما فشلت إسلام أباد أيضا في اتخاذ إجراءات فعالة للحد من أنشطة المدارس الدينية التي تعمل كمراكز لتجنيد الإرهابيين، وتعلن باکستان سواء على النطاق العلني أو الخاص أنها تعتزم التقيد التام بقرار مجلس الأمن الدولي رقم 1333 الذي يفرض حظرا على الأسلحة إلى طالبان.

وقد أثار الهجوم على المدمرة الأمريكية كول في اليمن في أكتوبر مخاوف من ضربات انتقامية أمريكية ضد منظمة بن لادن وأهداف في أفغانستان إذا ما أشار التحقيق إلى هذا الاتجاه. وهدد زعماء الأحزاب الدينية والجماعات المتشددة في باکستان باستهداف رعايا ومنشآت أمريكية إذا ما وقعت مثل تلك الضربات، مثلما فعلوا بعد الهجمات الأمريكية على معسكرات التدريب في أفغانستان في أغسطس من عام 1998، وفي أعقاب التدخل الدبلوماسي الأمريكي في صراع کارجيل بين