واستهدفت ست تفجيرات أخرى خلال الفترة من يوليو إلى نوفمبر مصالح محلية في العاصمة .. ووقع أكثرها دمارا في الثالث عشر من سبتمبر عندما تسبب انفجار سيارة ملغومة في ساحة انتظار سوق الأوراق المالية تحت الأرض في مقتل عشرة إندونيسيين، ومن بين الأهداف الأخرى لهذه التفجيرات مكتب المدعي العام ومقر حاکم جاکارتا وفندق في جاکارتا و منظمة غير حكومية محلية فضلا عن وزارة الزراعة التي استخدمت كقاعة لمحاكمة الرئيس الأسبق سوهارتو بنهم الفساد. كما وقعت تفجيرات عديدة في مدن رئيسة في سومطرة الشمالية ورياو وجاوة الشرقية.

ولم يحرز المسئولون الإندونيسيون إلا تقدما طفيفا في اعتقال ومحاكمة أولئك المسئولين عن هذه التفجيرات، وألقت الشرطة الوطنية الإندونيسية القبض على 34 شخصا يشتبه في تورطهم في انفجاري السفارة الماليزية وبورصة الأوراق المالية، ولكن عدم توافر الأدلة أجبر السلطات على إطلاق سراح جميع المشتبه فيهم في منتصف أكتوبر. وتزعم الشرطة أن حركة أتشية الحرة - وهي جماعة تسعى إلى إعلان دولة مستقلة في شمال سومطرة. نفذت الهجومين كليهما وخططت لهجوم آخر على السفارة الأمريكية الخلق فوضى» في جاکارتا، والأدلة التي جرى إعلانها اعتبارا من شهر ديسمبر، مع ذلك، لم تعزز هذه النظرية. غير أن انفصالي حركة أتشبه الحرة قاموا بهجمات متفرقة على منشآت ايکسون موبيل في أتشبه في أوائل العام، وتستهدف الحركة اساسا عناصر الأمن الإندونيسية التي مازال بعضها يحرس منشأت أيكسون موبيل.

ومن حين لآخر ينظم وطنيون إندونيسيون وبعض الجماعات الإسلامية المتطرفة احتجاجات عنف أمام المنشأت الدبلوماسية الأمريكية ردا على ما يتصور أنه تدخل أمريكي في الشئون المحلية والتأييد الأمريكي لإسرائيل. وقد توجت إحدى هذه التظاهرات بهجوم للغوغاء على القنصلية الأمريكية في سواربايا في الخامس عشر من سبتمبر، وفي حادث آخر هددت جبهة بيمبيلا إسلام / جبهة المدافعين عن الإسلام / المتشددة الإسلامية المواطنين الأمريكيين في البلاد. وبحث متطرفون إسلاميون آخرون في شهر أكتوبر عن المواطنين الأمريكيين في إحدى المدن بوسط جاوة لإنذارهم بمغادرة البلاد. وهاجم رجال مليشيا مكتب مساعدات تابع