شهر أكتوبر مقابل فدية مالية يصل إجماليها إلى سبعة ملايين دولار، بينما مهدت هجمات الحكومة الفلبينية على مواقع الجماعة الطريق أمام بعض الرهائن الآخرين للفرار. ومع ذلك واصلت جماعة أبوسياف احتجاز المواطن الأمريکي ورهينة فلبينية عند نهاية العام.

وأحرزت مانيلا بعض التقدم التشريعي ضد أنشطة الخطف من جانب جماعة ابوسياف خلال عام 2000 عندما أصدرت محكمة إقليمية أحكاما على ثلاثة من أعضاء الجماعة بالسجن مدى الحياة لخطفهم دکتور نيلو باراندينو وعشرة من أهل بيته في عام 1992. كما وجهت الحكومة الفلبينية اتهامات ضد أعضاء في الجماعة تورطوا في قضايا خطف متعددة على الرغم من أن المشتبه فيهم مازالوا مطلقي

السراح.

وقد قاطعت جبهة تحرير مورو الإسلامية التي مازالت أكبر الجماعات الانفصالية الإسلامية في الفلبين - محادثات السلام المتعثرة مع مانيلا في أواخر شهر أبريل. وبعد أن شن الجيش هجوما استولى خلاله على عدد من مراكز الجبهة القوية وهاجم نقاط تفتيش المتمردين بالقرب من معسكر أبي بكر وهو مقر قيادة الجبهة في جنوب الفلبين، قامت الجبهة بعدد من الهجمات الإرهابية في جنوب الفلبين ضد اهداف أمنية و مدنية فلبينية. وفي شهر يوليو استولت القوات المسلحة الفلبينية على معسكر ابي بکر وردت الجبهة بإعلان و الجهاد و على مانيلا وواصلت الهجمات على أهداف مدنية وحكومية في جنوب الفلبين. واتهم مسئولو تطبيق القانون أيضا أعضاء الجبهة بمسئوليتهم عن العديد من التفجيرات في مانيلا، من بينها اثنان ضد مراكز شعبية للتسوق في شهر مايو وخمسة على مواقع مختلفة في مانيلا في الثلاثين من شهر ديسمبر. وألقت الشرطة القبض على 6 من أعضاء الجبهة المشتبه فيهم لصلتهم بتفجيرات ماير وظلت تحتجزهم حتى نهاية العام.

وظل أيضا المتمردون الشيوعيون نشطاء خلال عام 2000، واستهدفوا من حين الآخر المصالح التجارية وخاضوا اشتباكات متفرقة مع قوات الأمن الفلبينية. وتشير تقارير الصحف إلى أنه في أوائل العام هاجم الحزب الشيوعي لجيش الشعب الجديد الفلبيني شركة بناء كورية جنوبية، وفي شهر مارس أصدر أمرا باستهداف المصالح التجارية الأجنبية و التي تضر عملياتها باقتصاد البلاد والبيئة». وقصف لواء