من الوسط العلمائي، وكانوا إذا أرادوا أن يمسكوا كتاب (المنظومة) يستعينون بخرقة لئلاّ يتنجّسوا، أو أنّهم يعتبرون الشخص الذي يدرّس الفلسفة عديم الدين ، حتّى أنّ البعض كان يتّهمه بأنّه لا يصلّي. وفي هذا المجال يقول نجله السيّد أحمد: «أعتقد أنّ نضال الإمام ضدّ المتظاهرين بالقداسة داخل الحوزة كان أصعب بكثيرٍ من نضاله في ساحة الصراع السياسي» . وبيانات ورسائل الإمام الخميني تشتمل على الكثير من الانتقادت التي يوجّهها إلى الحوزة والحوزيّين، ولعلّ آخرها وأشدّها ما يُعرف بالفارسيّة بـ (منشور روحانيت) ، وهو عبارة عن ندائه إلى الحوزات العلميّة الذي وجّهه بتاريخ 22/2/1989م قبيل أشهرٍ من وفاته، والذي أثار في حينه ـ على ما سمعته من بعض معاصري الأحداث ـ بلبلة في الوسط الحوزي"اهـ . [19] "

{ القتل من اجل السدانة }

قال السيد محمد حسن ال طالقاني:"وقد نقل السيد محمد حسن مصطفى الكليدار قول صاحب"مناهل الضرب في انساب العرب"المخطوط بشأن تولية السدانة وهذا نصه: عندما توفي المرزا حسن كمونة حدث نزاع عائلي بين كل من الشيخ محمد بن المرزا حسن , والحاج محسن بن الحاج مهدي كمونة بسبب تهالكهم على تولية السدانة , وكان اهالي كربلاء آنذاك منشقين الى قسمين قسم ينبذ ال كمونة وهم الاكثرية ويتزعمهم المرحوم السيد احمد السيد كاظم الرشتي وينضم اليه جميع طبقات كربلاء من الوجوه ."