ومن أبرز علماء الفترة الصفوية أيضًا المدعو الملا محمد باقر المجلسي، وهو من أهم علمائهم وأكثرهم تشددًا، ومن أهم كتبه وأكثرها شهرة كتابه"بحار الأنوار"، يقول الخميني عن هذا الكتاب:"هو من تأليف العالم المعظم، والمحدث الرفيع محمد باقر المجلسي، وهو مجموعة تقرب من أربعمائة كتاب ورسالة؛ فهو في الحقيقة مكتبة صغيرة تُسمَّى باسم واحد"، ويعتبر من أهم كتب الشيعة الإمامية، وهو مليء بالأحاديث والروايات، والقصص والأساطير، والأخبار من كل لون، ولقد استغلَّه الخطباء والمنبريون، وقرَّاء مجالس العزاء، والعلماء أيضًا، حين اتخذوه مصدرًا أساسيًّا؛ لكونه في متناول أيديهم، فملؤوا آذانَ الناس العوامِّ بالخرافات والدجل والأوهام، شأنه في ذلك شأن كتب بعض المتصوفة في العصور الإسلامية المتقدمة التي تلتِ العصورَ المباركة، والتي مُلئتْ بالغثِّ والسمين من الأحاديث والأخبار، ومن خلال اطِّلاعي الشخصي على بعض أجزاء هذا الكتاب وجدتُ فيه الكثير من الروايات الباطلة، التي يتداولها الصوفية كتلك التي تتعلق بأخبار النبي - عليه الصلاة والسلام - قبل البعثة وغيرها.

ولقد اهتمَّ الساسة الصفويون بهذا الكتاب أيَّما اهتمام، حتى إن الشاه سليمان أوقف له أملاكَه الخاصة في سيبل نسخه، وتوفيره للطلبة، وقامت الدولة القاجارية بعدئذٍ بالاستعانة بالمطابع الحجرية لذات الغرض، ونشرته في العراق والخليج، وكما يؤكد ذلك العلامةُ علي الوردي في كتابه"لمحات اجتماعية".

توفي هذا الرجل عام 1699م؛ أي: قبل سقوط الدولة الصفوية بثلاث وعشرين سنة.