المرحلة الثانية: من الهجرة المقدسة لصاحب الرسالة إلى مغيب شمس السعادة الإسلامية برحيل صاحب الرسالة المقدَّسة. بعد ورود موكب مؤسس الإسلام صلى الله عليه وآله وسلم إلى المدينة ونزوله في بيت أبي أيوب الأنصاري بدأ النبيُّ صلى الله عليه وآله وسلم وعليٌّ (ع) والمهاجرون والأنصار ببناء المسجد والحجرات الطاهرة لبيت النبيِّ وبيت عليٍّ في الوقت الذي كان معاوية وعمرو بن العاص مشغولان بإعداد الجنود لمحاربة النبي صلى الله عليه وآله وسلم والمسلمين. وبعد الانتهاء من بناء المسجد وبيوت النبوة بدأت الغزوات: غزوة الأبواء وودان وبواط والعشيرة والنخلة بين مكة والطائف، وكان علي (ع) أحد مجاهدي الإسلام في جميع تلك الغزوات في حين كان معاوية وعمرو بن العاص في جيش الكفار الذي كانت رئاسته غالبًا لأبي سفيان.