ويقول في خلاصة كلامه على سبب عدم ورود الإمامة في القرآن الكريم، ومخالفة الخليفتين الراشدين للقرآن ومتابعة المسلمين لهما ما نصه:"من جميع ما تقدم يتضح أن مخالفة الشيخين للقرآن لم تكن عند المسلمين شيئا مهما جدا، وأن المسلمين ،وإما كانوا داخلين في حزب الشيخين ومؤيدين لهما وإما كانوا ضدهما ولا يجرؤون أن يقولون شيئا أمام أولئك الذين تصرفوا مثل هذه التصرفات تجاه رسول الله وتجاه ابنته ، وحتى إذا كان أحدهم يقول شيئا فإن كلامه لم يكن ليؤخذ به ، والخلاصة: حتى لو كان لهذه الأمور ذكره صريح في القرآن ، فإن هؤلاء لم يكونوا ليتخلوا عن المنصب ."

ولكن، وحيث أن أبا بكر كان أكثر تظاهرا من سواه ، فإنه جاء يحديث أنهى به المسألة ، فأقدم على ما أقدم عليه بشأن الإرث كما أنه لم يكن من المستبعد بالنسبة لعمر أن يقول: بأن الله أو جبرائيل ، أو النبي: قد أخطأوا في إنزال هذه الآية فيقوم أبناء العامة بتأييده كما قاموا بتأييده فيما أحدثه من تغييرات في الدين الإسلامي ، ورجحوا أقواله على آيات القرآن"."

ويقول في معرض حديثه عن الإمامة وأولي الأمر:"إننا هنا لا شأن لنا بالشيخين ، وما قاما به من مخالفات للقرآن ومن تلاعب بأحكام الإله ، وما حلّلاه وما حرّماه من عندهما ، وما مارساه من ظلم ضد فاطمة ابنة النبي وضد أولاده، ولكننا نشير إلى جهلهما بأحكام الإله ، والدين.. إن مثل هؤلاء الأفراد الجهال الحمقى والأفاقون والجائرون غير جديرين بأن يكونوا في موضع الإمامة، وأن يكونوا ضمن أولي الأمر ( كشف الأسرار ص 107-108) ".

ولذلك يطلق الخميني على أبي بكر وعمر رضي الله عنهما ( الجبت والطاغوت ) ويسميهما ( صمني قريش) ويرى أن لعنهما واجب ، وأن من يلعنهما ، ويلعن أمهات المؤمنين عائشة وحفصة ابنتيهما ، وزوجتي رسول الله صلى الله عليه وآلة وسلم له فضل وأجر عظيمان .