وله كتاب فرق الشيعة [1] ، وكتاب الرد على فرق الشيعة ما خلا الإمامية، وكتاب الجامع في الإمامة، وكتاب الموضح في حروب أمير المؤمنين ــ عليه السلام، وكتاب التوحيد الكبير، وكتاب التوحيد الصغير، وكتاب الخصوص والعموم، وكتاب الأرزاق والآجال والأسعار، وكتاب كبير في الجزء، ومختصر الكلام في الجزء، وكتاب الرد على المنجمين، وكتاب الرد على أبي علي الجبائي في رده على المنجمين؛ فإن أبا علي تجاهل في رده على المنجمين [2] ، وكتاب النكت على ابن الراوندي، وكتاب الرد على من أكثر المنازلة، وكتاب الرد على أبي الهذيل العلاف في أن نعيم أهل الجنة منقطع، وكتاب الإنسان عين هذه الجملة، وكتاب الرد على الواقفة، وكتاب الرد على أهل المنطق [3] ، وكتاب الرد على ثابت بن قرة، والرد على يحيى بن أصفح في الإمامة، وجواباته لأبي جعفر ابن قبة ــ رحمه الله، وجوابات أخر لأبي جعفر أيضا، وشرح مجالسه مع أبي عبدالله بن مُمَلَّك ــ رحمه الله، وحجج طبيعية مستخرجة من كتب أرسطاطاليس في الرد على من زعم أن الفلك حي ناطق، وكتاب في المرايا وجهة الرؤية فيها.
(1) - وهو الكتاب الوحيد الذي وصلنا من كتبه، وقد طبع أولا بتصحيح المستشرق الجرماني هلموت ريتر بمطبعة الحكومة بإسطنبول 1931م. ثم طبع بتصحيح السيد محمد صادق آل بحر العلوم في النجف الأشرف 1936م. وتكرر طبعه بعد ذلك 1959.
(2) - ذكر الشيخ المفيد في أوائل المقالات ـ ص 81 (من طبعة واعظ جرندابي) ذكر أن الجبائي وابنه وجماعة غيرهما من أهل الآراء والمذاهب من المقلدة والمتكلمين خالفوا أكثر القدماء والمنجمين الذين قالوا: إن الأرض على هيئة الكرة في وسط الفلك، وهي ساكنة لا تتحرك، وعلة سكونها أنها في المركز .. فلعل النوبختي رد على الجبائي في هذه المسألة.
(3) - ذكره شيخ الإسلام ابن تيمية في درء تعارض العقل والنقل ـ 3/ 324.