وبموازاة العلاقة التنسيقية الحسنة التي تربط كتائب شهداء الأقصى بسرايا القدس، فإن علاقتها بكتائب القسام تتأرجح بين حين وآخر، إلا أن التوتر كان السمة الغالبة في الآونة الأخيرة إثر إقدام كتائب شهداء الأقصى على تبني العملية الاستراتيجية التي نفذتها كتائب القسام بتدمير موقع محفوظة"أورحان"الموقع العسكري الصهيوني قرب خانيونس، فقد أصدرت كتائب شهداء الأقصى بتاريخ 30/6/2004م بيانًا قاسيًا وصفت فيه بعض أقوال وتصريحات كتائب القسام بالكذب والافتراء، مؤكدة أن أسلوب كتائب القسام يسيء لوحدة الدم الفلسطيني، وأن ما صدر عن كتائب القسام لن يجلب لهم إلا الضعف والوهن.

ورغم الآمال التي عوّل عليها البعض في مزيد من التنسيق والشفافية والتكاتف بين فصائل العمل المقاوم، فإن الخلفية السياسية والميدانية لحركة فتح، وسواها، لا تزال تقف حجر عثرة في هذا الاتجاه، وكابحًا أساسيًا في وجه مثل هذه الطموحات.

ويمكن حصر أهم العمليات العسكرية والشخصيات الخاصة بكتائب القسام التي تبنتها كتائب شهداء الأقصى في الانتفاضتين: الأولى والحالية، وذلك على النحو التالي:

1-عملية"جاني طال"بتاريخ 30/1/1993م:

سبق ذكرها في تبني حركة الجهاد وصقور فتح إبان الانتفاضة الأولى للعملية.

2-عملية حاجز"سردا"العسكري بتاريخ 2/11/2001م:

فقد قام مقاومون من كتائب القسام باستهداف الحاجز العسكري القريب من قرية شمال رام الله، مما أدى إلى مصرع جندي صهيوني.

من جانبها تبنت كتائب شهداء الأقصى هذه العملية.