وقد اتهم رئيس ورزاء البحرين إيران بتدريب مئات من شباب الخليج في معسكرات بإيران للقيام بأعمال تخريبية، وجاء ذلك عقب محاولة الانقلاب الفاشلة بالبحرين عام 1981 وتبني إيران لأنشطة الجبهة الإسلامية البحرينية. وقد أدان مجلس التعاون الخليجي محاولة الانقلاب هذه في إطار إدانة التدخل الإيراني في شئون دول المجلس. وقد قصرت إيران في مرحلة لاحقة نشاط الجبهة الإسلامية لتحرير البحرين على المشاركة في المؤتمرات الإسلامية التي تنظمها إيران. كذلك تجددت الاتهامات البحرينية لإيران في يونيو 1996 بتدريب وتوجيه الجناح العسكري لتنظيم لم يعرف في البحرين من قبل باسم (( حزب الله ) )، وذلك في مدينة قم الإيرانية بهدف قلب نظام الحكم في البحرين وإقامة نظام موالي لإيران، وهو تطور أدى لسحب البحرين سفيرها من طهران وإعلانها اعتقال 13 بحرينيا ضالعين في التنظيم السري.

أما بشأن المعارضة الشيعية العراقية، فقد استضافت إيران المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق بقيادة آية الله محمد باقر حكيم منذ عام 1984، ومنحتها تدريبًا عسكريًا على يد الحرس الثوري الإيراني، ووفرت لها ممرات للتوجه للقيام بعمليات داخل العراق من الأراضي الإيرانية. وأشارت بعض التقارير إلى معسكر تدريب للمعارضة العراقية في منظرية بشمال طهران. وبعد فترة خفوت خلال فترة الانتصار العراقي في الحرب مع إيران عامي 1980 و 1981، فإن النشاط الإيراني الخارجي في العراق عاد بقوة منذ تحول الإيرانيين للهجوم ودخول الأراضي العراقية عام 1983، والتأكيد الإيراني على شعار إسقاط الحكم في العراق وإقامة حكم إسلامي هناك.