وقد ظل الخميني يردد فكرة إسقاط حكم الرئيس صدام حسين حتى نهاية الحرب العراقية / الإيرانية - بل ومن قبل اندلاع الحرب عام 1980 اعتبر صدام حسين كافرا يجب معاقبته دينيا. وتعاملت إيران في البداية مع حزب الدعوة ورجال الدين، وفي مقدمتهم آية الله باقر صدر حتى إعدامه هو وشقيقته في إبريل عام 1980 بواسطة الحكم العراقي، ثم في مرحلة لاحقة من خلال حزب العمل الإسلامي وتنظيم المجاهدين، حتى تأسيس المجلس الأعلى للثورة الإسلامية، الذي مثل توحيدًا لفئات العمل السياسي الإسلامي الشيعي الراديكالي. وقد اتهم الحكم العراقي المنظمات الموالية لإيران بالمسئولية عن عدة انفجارات منذ عام 1979، بدءًا بمحاولة اغتيال طارق عزيز ووزير الخارجية حينذاك وتفجير الجامعة المستنصرية، وانتهاء بحوادث اختراق الحدود بين البلدين منذ انتهاء حرب الخليج الثانية، وحدوث انفجارات في الجنوب، وكذلك تعبئة المسلحين الشيعة في منطقة الأهوار للعمل ضد الأهداف الحكومية في المنطقة خاصة منذ انتفاضة الشيعة في الجنوب في مارس عام 1991.