فيما يتعلق بتونس، اتهمت الحكومة هناك إيران عدة مرات في النصف الأول من الثمانينات بدعم منظمات (( خمينية ) )في تونس. وفي مرحلة لاحقة أشارت السلطات التونسية إلى أدلة تشير إلى تعاون واتصالات بين حركة الاتجاه الإسلامي - النهضة فيما بعد - بزعامة الأستاذ راشد الغنوشي وبين إيران مما شكل أحد دوافع حظر نشاط الحركة عام 1987 ومنع السماح بإعطاء رخصة رسمية لعودة النهضة بعد حركة السابع من نوفمبر عام 1987. ولا شك أن النموذج الإيراني أثبت لجماعات إسلامية عديدة في تونس أنها يمكن أن تستخدم العنف في مواجهة الحكومة وتنجح في إسقاطها. إلا أن العلاقات الدبلوماسية عادت بين إيران وتونس في سبتمبر عام 1990 بعد قبول الحكومة التونسية وساطات لتحسين هذه العلاقات. كما شهدت المرحلة الأخيرة تبادل زيارات لكبار مسئولي وزارتي الخارجية في الدولتين، إلا أن بعض المصادر أشارت إلى اتصالات تجريها إيران مع رجال أعمال الشيعة في الخليج لإجراء استثمارات في تونس والمغرب بهدف دعم الحركات الإسلامية الراديكالية في المغرب العربي ودول أفريقيا الإسلامية.