غير أن المتابع لفكر جمهرة علماء الشيعة يرى غير ذلك، ويقرأ شيئًا عجبًا في كتبهم، والذين لم يقولوا بتحريفه من هؤلاء قالوا بإمكان حدوث ذلك، إن آية الله الخميني في سياق الحديث عن حكمة عدم النص في القرآن الكريم على أن الإمامة وظيفة إلهية, وفي مسيرة حملته على صحابة رسول الله صلى الله عليه وسلم يقول في فقرة سبق أن أوردناها:"لو كانت مسألة الإمامة قد تم تثبيتها في القرآن، فإن أولئك الذين لا يعنون بالإسلام والقرآن إلا لأغراض الدنيا والرئاسة كانوا سيتخذون من القرآن وسيلة لتنفيذ أغراضهم المشبوهة، ويحذفون تلك الآيات من صفحاته ويسقطون القرآن من أنظار العالمين إلى الأبد" ( ) .

وفي موضع آخر من كتاب"كشف الأسرار"في أمر يتصل أيضا بالإمامة يصوغ آية الله الخميني فكرته في أسلوب يوحى إيحاءً مباشرًا بأن القرآن من صنع محمد، وما دام الأمر كذلك، ومحمد بشر، فإنه من الممكن أن يتعرض القرآن للتحريف. يقول آية الله الخميني ما نصه:"إن النبي أحجم عن التطرق إلى الإمامة في القرآن لخشية أن يصاب القرآن من بعده بالتحريف، أو تشتد الخلافات بين المسلمين فيؤثر ذلك على الإسلام ( ) ."