إلا أن كتاب"بحار الأنوار في أحاديث النبي والأئمة الأطهار"يظل أكبر كتبه وأهمها، ويقع في 25 مجلّدًا ضخمًا، كل مجلد منها يبلغ عدة مجلدات، حتى أن مجموعها بلغ 111 جزءًا، الأمر الذي جعل الشيعة يعتبرون هذا الكتاب"دائرة معارف شيعية لا مثيل لها"ومن أهم ما أضافه العصر الصفوي إلى المكتبة الشيعية وأوسع مصدر للثقافة الشيعية.

ويعتبر"بحار الأنوار"من أهم كتب الحديث عند الشيعة، وقد جمع فيه المجلسي ما هبّ ودبّ من الأخبار والأحاديث المنسوبة إلى النبي صلى الله عليه وسلم والأئمة، وجمع فيه سيرة النبي صلى الله عليه وسلم وفاطمة والأئمة الاثنى عشر، وأحوالهم ومناقبهم، وما نُسب إليهم من المواعظ، ورتبها من غير تهذيب ولا تحقيق.

ولم ينقل المجلسي في"بحاره"إلاّ القليل مما احتوته كتب الحديث الأربعة الكبرى عند الشيعة ( ) لأن هذه الكتب كانت تتناول بشكل كبير الفروع، وبحار الأنوار كان في غير الفروع، كما أن المجلسي كان يريد أن يجمع كل ما نسب إلى الإمامية بغض النظر عن صحته ، حتى أنه أدخل في مصادره مرجعًا لا يعرفه الشيعة، وينكرون صحته يعرف باسم"الفقه الرضوي"، وقد ادّعي أن هذا الكتاب اكتشف في زمن المجلسي!

وقد أشار المجلسي إلى"بحاره"في مقدمة كتاب"زاد المعاد"بقوله:

"وقد وردت أعمال وأدعية جمّة عن رسول الله وأئمة الهدى (صلوات الله عليه وعليهم أجمعين) تزخر بها كتب الأدعية، وأنا الداعي خادم أخبار الأئمة الأطهار عليهم صلوات الملك الغفار قد جمعت أكثرها في كتاب بحار الأنوار، غير أن أكثر الناس لا يتيسّر لهم الاطلاع على ما في هذا الكتاب والعمل بجميع ما فيه نظرًا لانشغالهم بأنواع الهموم الدنيوية..".