وخلال الانتخابات الرئاسية، كان خامنئي بارعا بما فيه الكفاية لتكييف أساليبه، ففيما دعم قاليباف في الدورة الأولى، انتقل الى دعم احمدي نجاد في الدورة الثانية. غير ان احمدي نجاد يشعر بأنه غير مدين بشيء لخامنئي. وبتركيزه على ان «الإمام الغائب» المهدي هو المصدر الوحيد للسلطة في الجمهورية الاسلامية، حاول احمدي نجاد تهميش «المرشد الأعلى» . وفي كثير من خطاباته، يضع المهدي قبل كل الأنبياء، ويزعم أنه «رسول شخصي خاص» للوصول الى «الإمام الغائب» . ومن الناحية النظرية فان الأكثر معرفة من بين رجال الدين الشيعة فقط هم الذين يفترض اعتبارهم الأكثر تأهيلا لموقع «المرشد الأعلى» . غير أنه من الناحية العملية لا يبدي أي من آيات الله العظام أي اهتمام بالمنصب. والحقيقة أن الأغلبية الساحقة من رجال الدين الشيعة في ايران يعتقدون الآن ان مشاركتهم في الحكومة خاطئة، وان الخميني كان سياسيا طموحا أكثر منه زعيما دينيا مناسبا. ويريد بعض كبار رجال الدين الغاء منصب «المرشد الأعلى» ونقل مسؤولياته السياسية الى رئيس الجمهورية. وبالتالي، فان الجوانب الدينية للمنصب يمكن ان تكون بمسؤولية مجلس من خمسة رجال دين.

وقد دعم تلك الصيغة كل من رفسنجاني وخاتمي، وإن بصورة غير مباشرة. ويعتقد بعض المحللين انه لو ان رفسنجاني كان قد فاز، لكان قد سعى الى دمج المنصبين الكبيرين للنظام.

غير ان النخبة الحاكمة الجديدة، التي يرمز اليها أحمدي نجاد، تبدو عازمة على الحفاظ على منصب «المرشد الأعلى» بعد تجريده من بعض سلطاته السياسية والإدارية. وفي ذلك السياق، فان المرشد الآيديولوجي للنخبة الجديدة، آية الله محمد تقي مصباح يزدي، يمكن أن يكون المرشح الرئيسي لمنصب «المرشد الأعلى» اذا ما أرغم خامنئي على التخلي عنه.