نقطة أخرى لا تزال غامضة حتى الآن مفادها: إلى أي حد يطبق فقهاء مجلس صيانة الدستور القوانين التي يوافق عليها من مجلس الشورى، طبقًا لتعاليم الشرع، وإلى أي حد يستندون إلى فتاوى مراجع التقليد، ففي عصر آية الله الخميني مؤسس الجمهورية الإسلامية كان من المتعارف عليه أنه في حالة وجود وجهات نظر متفاوتة بين مراجع التقليد حيال قضية، يتم الأخذ بوجهة نظر آية الله الخميني بوصفه الولي الفقيه، ومن ثم تفضيل هذه الرؤية على ما سواها، وقد بدأ الخلاف الفعلي بعد وفاة الخميني وتولي السيد علي خامنئي مؤسسة الإرشاد.

السعي من أجل التحرر من قيود وضع القوانين:

أثناء الحرب العراقية الإيرانية أظهر مجلس صيانة الدستور تشددًا واضحًا إزاء الموافقة على القوانين الأمر الذي دفع الإمام الخميني للتقليل من سلطان هذا المجلس، والتفكير في سبيل مبتكر من أجل تخطي عراقيل وضع القانون.

…فقد أعلن الخميني في البداية أنه في حالة موافقة ثلثي نواب مجلس الشورى على قانون فإن هذا القانون لا يكون بحاجة مرة أخرى لموافقة مجلس صيانة الدستور. بعد هذا الدستور الجديد، اختار الخميني العديد من المسئولين الحكوميين ولم يكن لمعظمهم توجهات في ساحة القضايا الدينية، لعضوية مجمع تشخيص مصلحة النظام، وذلك للنظر في القوانين التي وافق عليها مجلس الشورى ولم يوافق عليها مجلس صيانة الدستور.