وتمتاز الروابط الدينية بين البلدين بأنها قوية، فالمنفيون العراقيون في إيران انجذبوا بشكل كبير تجاه آيات الله العراقيين مثل محمود شاهرودي (رئيس السلطة القضائية) ، كاظم الحائري، ومحمد باقر الحكيم (زعيم المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق الذي قتل عام 2003) وهو الذي أشرف على تأسيس المنظمات الدينية العراقية في طهران وقم وأحدثت تلك المنظمات تأثيرًا كبيرًا في إيران منذ الثمانينيات. العديد من رجال الدين الكبار وخريجي الكليات الشيعية العراقية في إيران انضموا إلى مؤسسات إيران السياسية وأصبح عدد كبير منهم قريب الصلة بخامنئي. وهؤلاء الرجال العراقيون عادوا لبلادهم عام 2003 للسيطرة على المساجد والكليات المختلفة وبالتالي ساهموا في خلق محور مهم للتعاون بين قم والنجف.

تصور الكثيرون خاصة في واشنطن قبل الحرب أن العراق عندما يتم تحريره فإن مدينة النجف سوف تنافس قم وتتحدى آيات الله الإيرانيين، ولكن منذ عام 2003 والمدينتان تتعاونان وليس هناك شقة مذهبية واضحة بينهم أو أي نزوح جماعي لمنشقين من مدينة لأخرى.

ولهذا نجد أن الموقع الإلكتروني لأية الله على السيستاني (www.sistani.org) مقره قم، وأغلب الضرائب الدينية التي تجمع بواسطة مندوبية مازالوا في إيران.

وقد امتدت هذه الروابط بشكل كبير إلى ما بعد النخب، فافتتاح المزارات الشيعية في العراق كان له تأثير عاطفي كبير على الإيرانيين خصوصًا بالنسبة للطبقات الاجتماعية الأكثر تدينًا والتي تدعم النظام. ومنذ عام 2003 قامت مئات الآلاف من الإيرانيين بزيارة المدن المقدسة مثل النجف وكربلاء.

وقد عزر هذا الاتجاه زيادة اتجاه الشباب نحو العبادة في إيران، خلال العقد الماضي ظهر بشكل كبير أن الشباب الإيراني بدأ يتجه نحو العبادة والتدين وتقليد كبار الشيعة خاصة الإمام الثاني عشر (المهدي المنتظر لدى الشيعة) .