في فترة التسعينيات سرب حزب الدعوة بعض كوادره إلى داخل العراق من إيران عن طريق شمال العراق لجلب معلومات وإجراء عمليات اغتيالات لكوادر حزب البعث،وإحياء خلايا نائمة للحزب. وبعد سقوط العراق بيد الاحتلال، انقسم حزب الدعوة على نفسه تجاه شرعية الاحتلال وتجاه التبعية لإيران- فالحزب كان من الرافضين لاحتلال أمريكا للعراق ،ولهم تحفّظ عن بعض تدخلات إيران بشأن الأحزاب الشيعية - لذلك انقسم الحزب لثلاثة أقسام:
-حزب الدعوة / إبراهيم الجعفر .
-حزب الدعوة / تنظيم العراق / بزعامة عبد الكريم العنزي.
-حزب الدعوة / الذي رفض الانتماء للعملية السياسية.
حزب الدعوة / إبراهيم الجعفري:
مجموعة الجعفري وافقت على المخطط الأمريكي - الإيراني، (هذه المعلومات أعلنها أعضاء من حزب الدعوة رفضوا أفعال التنظيم، وعادوا إلى لندن وفضحوا أسرارًا كثيرة حول حزب الدعوة) ، أما إبراهيم الجعفري (أبو أحمد) ، وكذا (جواد المالكي"نوري المالكي"أبو إسراء) وغيرهم من المشاركين في العملية السياسية، فقد وافقوا على الارتباط بإيران فقط والتعاون معها.
حزب الدعوة / تنظيم العراق:
أما مجموعة عبد الكريم العنزي، فكان ارتباطهم بإيران أقدم من حزب الدعوة والجعفري. وحزب الدعوة- بعد السقوط- أعاد النظر في كل أطروحاته القديمة ،وارتبطوا بإيران باتفاقات مبرمة، والغوا بعض الخلافات مع المجلس الأعلى مؤقتًا بأمر إيراني. و طلبت إيران من حزب الدعوة ربط مقتدى الصدر والكتلة الصدرية بإيران .