وبعد وفاة الشيخ أحمد وفاة الشيخ أحمد بن إدريس، سنة 1253هـ (1838م) ، تنافس الميرغني ومحمد بن علي السنوسي (مؤسس الطريقة السنوسية) على خلافة الشيخ، واستطاع الميرغني المنافسة والحصول على الزعامة، كما استطاع أن يكوّن طريقته الختمية، وينشئ لها عدة زوايا في مكة وجدّة والمدينة والطائف، كما بعث بأبنائه إلى جنوب الجزيرة العربية ومصر والسودان للدعوة للطريقة ونشرها ( ) .

والختمية كما يقول مؤسسها هي جماع خمس طرق: النقشبندية، والقادرية، والشاذلية، والجنيدية، والميرغنية التي كانت لجدّه المحجوب ( ) .

والطريقة الختمية معجبة جدًا بالشيعة والنموذج الإيراني ، وهي عدائية تجاه الدعوة السلفية وجماعة الإخوان المسلمين ( ) . ولهم تنظيم دقيق ومؤسسات للشباب والنساء تتولى الترويج للطريقة وتعتبر في نفس الوقت من روافد الحزب الاتحادى الديمقراطي التابع للطريقة ( ) .

وقد ترك الميرغني عددًا من المؤلفات يغلب عليها الطابع الصوفي في لغتها ومضمونها منها:

1-…"تاج التفسير لكلام الملك الكبير"، ويقع في جزئين.

2-…"النفائح المدنية في المدائح المصطفوية".

3-…"النفحات المكيّة واللمحات الحقيّة في شرح أسس الطريقة الختمية".

4-…"حمة الأحد"، وهو كتاب في الحديث، وضمّنه أنواعًا مختلفة من العبادات.

5-…"مجموع الأوراد الكبير".

6-…"الفتح المبروك في آداب السلوك".

7-…"فتح ديوان الرسول". وهو جزء من أربع صلوات ألفها الميرغني لأتباعه، وقسمها لسبعة أبواب، وكل باب خمسة فصول، وأمر أصحابه وأتباعه بتلاوة باب من الأبواب في كل يوم ( ) .

بعض عقائدهم:

1.…تبني عقيدة وحدة الوجود ( ) ، والدفاع عنها، والإشادة بدعاتها، فإن من الأذكار المشروعة عند الختمية قولهم:"إلهي شرّفني بشروق نور لاهوتيتك في ناسوتيتى"، ومنها:"اللهم أغرقني في تجليك الأعظم"، ومنها أيضًا:"لا موجود إلًا الله"يقولونها خمسين مرّة ( ) .