وعند البحث في صلاحيات الولي الفقيه في الدستور الذي وضع لاستفتاء عليه سنة 1989 بعد وفاة الإمام الخميني حسب ما جاء في المادة الخامسة لن نخرج بنتيجة حاسمة لتلك الصلاحيات ولكن يمكن الاستدلال على هذه الصلاحيات من رسالة وجهها الإمام الخميني في 31 ديسمبر 1988 إلى الإمام علي خامينئي الذي كان رئيسًا للجمهورية آنذاك أظهر فيها الخميني امتعاضه في إحدى خطب الجمعة من إجازة الرئيس خامينئي لوزير العمل تطبيق بعض القوانين التي لم يصادق عليها مجلس المحافظة على الدستور. وقد تضمنت رسالة الخميني لخامنئي ضمن ما تضمنت أن الولي الفقيه له دون سواه أن لا يلتزم بالقوانين البشرية ومن جملتها الدستور.. وأن أوامره مقدمة على جميع القوانين (1) .

(1) أصبح علي خامنئي أكثر تشددًا في التمسك بشرعية ولاية الفقيه بعد أن أصبح قائدًا لنظام الثورة وبالسلطات الدستورية التي يتمتع بها القائد حتى في مواجهة المرجعيات الدينية التي تعارض الولاية المطلقة للفقيه في أجوبة الاستفتاءات يقول خامنئي في المسألة رقم 65: يجب على كل المسلمين إطاعة الأوامر الولائية الشرعية الصادرة من ولي أمر المسلمين (الولي الفقيه) والتسليم لأمره ونهيه حتى على سائر الفقهاء العظام, فكيف بمقلديهم (يعني عامة الناس) ولا ترى الالتزام بولاية الفقيه قابلًا للفصل عن الالتزام بالإسلام وبولاية الأئمة, أحمد الكاتب,"مرجع سابق".