يلاحظ على هذه التركيبة المعقدة لمؤسسات الحكم في جمهورية إيران الإسلامية أن نظرية الولاية المطلقة للفقيه تلقي بظلالها ليس على نظام القيم الخاص بالنظام السياسي الإيراني فحسب بل وعلى حركة مؤسساته أيضًا. الولي الفقيه (القائد) يحتل مكانة محورية في النظام السياسي الإيراني. فهو يبقى في السلطة مدى الحياة حيث لا يحدد الدستور فترة زمنية لقيادته مثل ما هو الحال بالنسبة لرئيس الجمهورية ما لم يطرأ ما يوجب عجزه وتخضع هذه الحالة لعملية مؤسساتية معقدة يصعب معها تفعيل عملية العزل في حالة ما عكس ذلك صراع حقيقي على السلطة في إيران (1) .

كما أن القائد يتمتع بنفوذ على مؤسسات الحكم الأخرى بما فيها رئاسة الجمهورية والبرلمان عن طريق سيطرته على أهم مؤسستين لا يوجد مثيل لهما في أي نظام سياسي: مجلس صيانة الدستور.. ومجلس تشخيص مصلحة النظام اللذان يرجعان مباشرة للقائد نظرًا لسلطته الكبيرة في تعيين أعضائهما وعزلهم (2) .

(1) قارن المادة 111 في كل من دستور 1980, 1989 خاصة ما جاء في دستور 1989 في ما يخص ملء فراغ القيادة في حالة شغرها بسبب العزل أو الوفاة أو عدم القدرة في ممارسة مهام القيادة, أمر لا نجده في دستور 1980 بالرغم من نصه على احتمال عزل القائد مع عدم التعرض لمسألة ملء فراغ القيادة حتى تتم عملية اختيار القائد الجديد بواسطة مجلس الخبراء. دليل آخر على المكانة الروحية للإمام الخميني.. وتكريس شرعية النظام في شخصه طبقًا لنظرية ولاية الفقيه.

(2) القائد يعين أعضاء مجمع تشخيص النظام الدائمين والمؤقتين بأمر منه (المادة:112) من دستور 1989, ويعين نصف أعضاء مجلس صيانة الدستور (ستة أعضاء من الفقهاء) والنصف الآخر يعينهم القائد من قائمة يقدمها له رئيس السلطة القضائية الذي يعين مباشرة من قبل القائد المواد: 91 أ ب من الفقرة 6, مادة: 110.