وشيع جثمانه - في غاية الإجلال والاحترام - خلق كثير من الناس، وكان من جملة المشيعين السلطان حسين بايقرا، حيث اتجه إلى منزل الجامي - على الرغم من ضعفه ومرضه - دامع العينين محترق الفؤاد، وبصحبته الأمراء وكبار رجال الدولة.

ودفن الجامي جوار مرقد الشيخ سعد الدين الكاشغري مرشده في الطريقة النقشبندية.

وقد استخلص تاريخ وفاته بحساب الجمل من الآية الكريمة (ومن دخله كان آمنا) وثبت ذلك على لوحة قبره. كما استخرجوا تاريخ وفاته بالفارسية كالآتي:

(آه فراق جامي آه أز فراق جامي) أي: آه من فراق الجامي، مكرر (ومرقده اليوم موضع احترام وتقدير مختلف الطبقات) .