خرج المجلس إلى حيز الوجود فعليًا في 18 أيار 1969 لدى انتخابه الإمام الصدر رئيسًا لفترة 6 سنوات مما أكد وضعه كرجل الدين الشيعي الأول في البلاد, وواحد من أهم الشخصيات السياسية الشيعية, وما لبث المجلس أن تقدم بمطالب شملت الأصعدة العسكرية والاقتصادية والسياسية, بما في ذلك الإجراءات الكفيلة بتحسين الدفاع عن الجنوب وتوفير اعتمادات الإنماء والبناء وتحسين المدارس والمستشفيات وزيادة عدد الشيعة المعينين في الفئات الوظيفية الحكومية العليا.