3.عدم وجود المظلة القانونية للنشر الإلكتروني والإيداع القانوني بين دول العالم المتطورة والنامية، لضمان حقوق المؤلفين والناشرين وما يرتبط بالملكية الفكرية للمنشور الإلكتروني.

4.ضعف الرقابة على المنشورات الإلكترونية وما يترتب على ذلك من التعدي والإضرار بمصالح الآخرين وخصوصياتهم.

5.مع وجود الشبكة العالمية للمعلومات"الإنترنت"ظهرت صعوبة الرقابة والتمييز بين المعلومات الإلكترونية الأصلية والمسروقة، خاصة.

6.وكما أن الحصول على المادة العلمية يسير وسريع، فإن فقدها كذلك، وذلك لأسباب منها؛ سوء الحفظ أو فيروسات الحاسب، أو الأعطال الفنية التقنية التي تؤدي إلى ذلك.

7.الضرر الصحي: فالقراءة والاطلاع الدائم على المعلومات من خلال الحواسيب يؤدي إلى إجهاد العين وآلام الظهر خاصة مع الجلوس لفترات طويلة.

8.ضعف التوثيق العلمي؛ فالمكتبات الإلكترونية بشكل عام تفتقد التوثيق العلمي من قبل جهات علمية وتخصصية ومعتبرة، ومن أسباب ذلك: جِدّة هذه التقنية، وعدم وجود آلية عمل واضحة للمتابعة والتوثيق لدى الجهات العلمية المعتبرة، كما أنها تفتقد الخطوات العملية للمراجعة والتدقيق والإجازة، فالخطوات العملية لذلك لما تتضح تمامًا؛ لا لدى الجهات المنتجة ولا لدى الجهات العلمية الاعتبارية. ولذلك فإن الغالب على المكتبات الإلكترونية افتقادها التوثيق العلمي المعتبر، ولهذا فلا بد للمستفيد من هذه المكتبات