2-دعوته إلى (العلمانية) وعزل الإسلام عن أن يكون مرجعًا لسلوك الفرد والمجتمع إلى كونه مجرد علاقة بين العبد وربه يحتفظ بها في ضميره!!.

يقول مجيد خدوري في كتابه (عرب معاصرون) :"إن تأكيد لطفي السيد على العلمانية وإحالة الدين إلى ضمير الفرد أثار النقاد الذين نددوا به واتهموه بالإلحاد" [ص 329] .

3-إلحاده !! -إن صح النقل عنه- فقد قال مجيد خدوري في كتابه (عرب معاصرون) :"أخبرني عبد الرحمن الرافعي المحامي المؤرخ مرة أن لطفي السيد كان شيخ الملحدين . ولكن عبد الرزاق السنهوري الذي سمع هذه الملاحظة قال: إن شيخ الملحدين هو شبلي شميّل وليس لطفي السيد، على الرغم من أن لطفي نفسه من الملحدين!! وقال الرافعي إن لطفي كمدير للجامعة المصرية دافع عن ملحدين آخرين ؛ كطه حسين ومنصور فهمي وحسين هيكل" [ص329] .

"وقال لي السنهوري -وهو صديق حميم للطفي السيد- إن لطفي أثار شكوكًا جدية في المعتقدات الدينية التقليدية"وأنه"أعرب عن شكوك خطيرة فيها، وقد ظل مشككًا حتى آخر حياته"!! [ص330] .

4-طعنه في الشريعة الإسلامية بأنها غير صالحة لهذا العصر!! يقول مجيد خدوري في كتابه (عرب معاصرون) :"قال لي -أي لطفي السيد- مرة في سياق الحديث: إن الشريعة الإسلامية وهي في حالة ركود منذ زمن بعيد لم تعد تتفق والأوضاع الجديدة للحياة"!! [ص330] .

5-دعوته إلى الوطنية الضيقة التي رفعت شعار"مصر للمصريين"! فأعادت النعرة الجاهلية من جديد، حيث استبدل لطفي السيد رباط الأخوة الإسلامية بهذا الرباط الجاهلي.

يقول ألبرت حوراني في كتابه (الفكر العربي في عصر النهضة) :"كان لطفي كغيره من المفكرين المصريين لا يحدد الأمة على أساس اللغة أو الدين، بل على أساس الأرض، وهو لم يفكر بأمة إسلامية أو عربية، بل بأمة مصرية: أمة القاطنين أرض مصر" [ص216] .