الأولى: مهام معنوية تتمثل في اطمئنان العملاء مع البنوك الإسلامية إلى مشروعية كافة الأعمال التى تقدمها البنوك الإسلامية، وتحرص البنوك على تعيين المشتهرين من أهل العلم والحائزين على الثقة لدى جمهور الناس لزيادة الاطمئنان لديهم.

الثانية: مهام عملية متمثلة في أمور ثلاثة:

الأول: مهمة الإفتاء الشرعي فيما يعرضه عليها البنك من عقود وأعمال أو وضع عقود أخرى أو إعادة صياغتها، وتعتبر هذه المهمة هي جوهر عمل الهيئة وأصل وجودها، وتقوم الهيئة بنشر فتاويها تلك للجمهور .

الثاني: مهمة استشارية إذ تقوم بدور المستشار الشرعي للبنك قبل ممارسته لأي عمل .

الثالث: مهمة إدارية إذ يجوز لها أن تطالب بعقد مجلس إدارة البنك إذا ارتأت ذلك ضروريا، وغالبا ما يكون الغرض بحث مسائل شرعية مع مجلس الإدارة، كما تطالب بتقديم تقارير دورية لكل من مجلس الإدارة وللجمعية العمومية لتأكيد مطابقة أعمال البنك للشريعة الإسلامية لكل من الجهتين .

الرابع: مهمة رقابية فعليها التدقيق في كل أعمال البنك، وإعطاء التعليمات التصحيحية بالنسبة لما لا يتطابق معها .