كما أن التصوف االفلسفي البدعي الذي فشا في المسلمين فشوا كبيرا في العصور المتأخرة كان من أعظم العوامل التي أدت إلى ضعف الوعي باطراد السنن؛ مما أفضى إلى الاستهانة بالعلوم التجريبية، والتفريق بين الشريعة والحقيقة، وإهمال الدنيا وعمارة الأرض، والانعزال عن الخلق في الربط والزوايا والتكايا، بحجة التربية والتزكية من أجل الآخرة، وترك الأخذ بالأسباب، والسلبية والتواكل، والإعراض عن التفكيبر العلمي الذي أصله الإسلام إعراضا يكاد يكون تاما، وانتشار الخرافات والأساطير والبدع بينهم، وميل الناس ميلا عظيما إلى الاشتغال بالخوارق والكرامات، والأضرحة والأولياء والمزارات.